Wanneer het onderscheid tussen goed- en kwaadaardig niet gemaakt kan worden na punctie(s), wordt meestal alleen de helft van de schildklier weggenomen waarin de knobbel zich bevindt.
Als de patholoog vervolgens vaststelt dat de knobbel toch een kwaadaardig gezwel betreft, is in veel gevallen een tweede operatie nodig. Hierbij wordt dan alsnog de andere helft van de schildklier verwijderd. Als het een kleine knobbel (nodus) betreft met vrijwel zekere diagnose, wordt meestal alleen de helft van de schildklier weggenomen. Als de diagnose vrijwel zeker is en de nodus > 1 cm volgt ook wel eens direct een verwijdering van de hele schildklier. Ook wanneer bij de diagnose al sprake is van uitzaaiingen, wordt de hele schildklier verwijderd. Wanneer de uitzaaiingen zich in de hals bevinden wordt dit bijna altijd gecombineerd met verwijdering van een deel van de lymfklieren in de hals.